Fernando C. Prestes Motta nasceu em São Paulo, no dia 16 de março de 1945, filho de Marino e de Maria do Carmo Prestes Motta, típicos representantes da classe média paulista. Marino Motta era comerciante e importador de peças para automóveis, comércio que prosperou após a Segunda Guerra Mundial; depois enfrentou dificuldades quando a indústria nacional substituiu as importações.
Fernando era o mais novo dos três filhos, com uma diferença de quase dez anos dos irmãos. Cursou o ginásio e o científico no Colégio São Luiz, dos padres jesuítas, e a Escola de Administração de Empresas da Fundação Getúlio Vargas. Esta decisão foi provavelmente tomada porque sua irmã, Vera, se casara com Luiz Carlos Bresser Pereira, professor desta escola, com quem Fernando, onze anos mais novo, sempre teve uma grande afinidade.
Cursou a Escola de Administração de Empresas da Fundação Getúlio Vargas, EAESP, onde se formou em administração em 1967. Dois anos depois, casou-se com Maria Cristina Cintra do Prado com quem teve uma filha, Carolina.
Durante o curso de graduação fez estágios em algumas empresas e teve uma experiência docente em um curso de madureza. Percebeu gostar mais do ensino e da pesquisa acadêmica do que do exercício da profissão de administrador. Desde muito cedo estudou inglês e francês, línguas que dominava. Conhecia também alemão e italiano.
Logo após terminar a graduação prestou concurso e foi admitido na carreira de docente da EAESP, no Departamento de Administração. Ao mesmo tempo em que lecionava, cursou o mestrado orientado pelo professor doutor Carlos José Malferrari. Como dissertação apresentou o tema O Racionalismo Capitalista e a Evolução da Empresa Brasileira e obteve o título de mestre com louvor.
O título de sua dissertação indicava seu interesse pelas ciências sociais e a teoria sociológica das organizações. Na época aprofundou-se no estudo de Max Weber e dos filósofos da Escola de Frankfurt, Marcuse, Habermas, Horkheimer, Adorno, Walter Benjamin. Em 1969 viajou para os Estados Unidos onde, na Universidade de Cornell, em Ithaca, fez algumas disciplinas nas áreas de teoria e comportamento organizacional, teoria sociológica e método científico. Em 1973 recebeu uma bolsa de estudos do governo francês para seguir cursos na área de ciência de administração no Institut International d’Administration Publique. Na FGV tinha como colega e amigo, Maurício Tragtenberg, com quem conversava sobre o ideal da auto-gestão. Além de haver freqüentado cursos no IIAP e na Universidade Paris I (Pantheon-Sorbonne), em Paris, filiou-se ao Centre International de Coordination des Recherches sur l’Autogestion. Conversava sempre sobre psicanálise com sua irmã Vera, psicanalista, ampliou seu entendimento das teorias organizacionais utilizando de conhecimentos provindos da psicanálise. Tinha grande intimidade com as obras de intelectuais franceses ligados à sociologia e a psicanálise, principalmente Michel Foucault, Lacan, Cornelius Castoriadis e Felix Guattari.
Já em 1974 publicou seu primeiro livro que seria também um grande êxito editorial, Teoria Geral da Administração: Uma Introdução. Foi talvez o primeiro trabalho no Brasil a fazer uma análise crítica da teoria administrativa de Taylor ao grupo de Aston. No mesmo ano recebeu a medalha de mérito como reconhecimento pelos serviços prestados à Fundação Getúlio Vargas, conferida por seu presidente, Luiz Simões Lopes.
Em 1979, publicou Empresários e Hegemonia Política. Fez uma carreira muito rápida na Escola de Administração de Empresas. Em 1980, sob a orientação novamente de Malferrari, defendeu a tese Burocracia e Autogestão: A Proposta de Proudhon transformada em seguida em livro. Foi novamente aprovado com louvor, e se tornou professor titular da FGV. Nesse mesmo ano, publicou com Bresser-Pereira, Introdução à Organização Burocrática. Um ano depois, lançou O Que é Burocracia? a que se seguiu Participação e Co-gestão: Novas formas de Administração, em 1982.
Foi então convidado para ser professor colaborador no Departamento de Administração Escolar e Economia da Educação, da Faculdade de Educação da Universidade de São Paulo, onde lecionou por vários anos. Em 1985, recebeu o título de livre-docente da Universidade de São Paulo com a tese intitulada Organização e Poder, também publicada como livro. Novamente foi aprovado com nota dez. A banca examinadora constituída pela Congregação da Faculdade de Educação da Universidade de São Paulo compunha-se dos professores Celso de Rui Beisiegel, Henrique Rattner, Luiz Carlos Bresser-Pereira, Maurício Tragtenberg e Evaldo Amaro Vieira.
Em 1991, tornou-se, através de concurso público, professor titular em Administração Escolar na Faculdade de Educação da Universidade de São Paulo. Foi também professor contratado pela Faculdade de Educação da Pontifícia Universidade Católica de São Paulo. Na Escola de Administração de São Paulo, onde permaneceu durante toda sua vida, lecionou na graduação, no mestrado, no doutorado, tanto na área pública como na de empresas. Na mesma instituição desempenhou uma série de funções ligadas à administração da educação.
Em 1997, organizou, com Miguel Caldas o volume Cultura Organizacional e Cultura Brasileira, em 1999, publicou ainda Teoria das Organizações: Evolução e Crítica, e junto com Maria Ester de Freitas, Vida Psíquica e Organização, em 2000. Escreveu vários artigos para revistas acadêmicas, introduziu, com finalidade didática, vários autores estrangeiros até então desconhecidos no Brasil. Participou de várias pesquisas teóricas, de várias bancas examinadoras de concursos de seleção de professores, de doutoramento, de mestrado, além de ter sido orientador de várias teses de mestrado e doutorado. Deu cursos e palestras em diversas cidades do Brasil.
Em 2002, recebeu na FGV uma grande homenagem de seus alunos e amigos, ocasião que lançou a atualização do seu primeiro livro, Teoria Geral da Administração, feita juntamente com Isabella F.G. Vasconcelos. No trabalho que escreveu sobre sua obra, Bresser-Pereira o identificou como “o sociólogo das organizações” porque nenhum outro sociólogo brasileiro escreveu uma obra tão abrangente e profunda sobre as organizações quanto Fernando C. Prestes Motta. Adoeceu, e veio falecer no ano seguinte.
"A educação moderna convencional muito raramente se preocupa com o desenvolvimento da pessoa. Opta, normalmente e com a cumplicidade dos pais ansiosos por filhos bem-sucedidos na "vida", pelo desenvolvimento funcional ou profissional, exacerbando a angústia do adolescente. As instituições educacionais e, de modo especial, a universidade, nasceram como um espaço no qual o mestre formava seus discípulos através da convivência diária. Esse espaço tornou-se uma grande burocracia impessoal em que a convivência é meramente funcional. Busca-se formar boas engrenagens, no melhor dos casos, e não pessoas adultas, maduras individual e socialmente."
Fernando C. Prestes Motta